Mark of the Ninja раскроет вам истинный путь ниндзя в двухмерной видеоигре жанра стелс-экшен. Играя за главного героя, вы будете действовать скрытно. Манипулируйте своими врагами. Не стоит идти напролом, действуйте как истинный ниндзя, слейтесь со своей тенью и устраняйте своих врагов незаметно и быстро. Почти за каждое действие в игре начисляются специальные очки, за которые можно будет отрыть новые приемы или купить новое снаряжение. Главным вашим оружием станет меч-ниндзято и бамбуковые дротики. Игру можно пройти полностью без жертв, но можно применять насилие и устранять своих противников. Еще в самом начале игры вам делают уникальную татуировку, краски которой одаривают необычными способностями. После создания татуировки вы засыпаете, а очнувшись узнаете, что клан «Гессен» напал на ваш клан «Хисоми» и взял всех в плен. После того как вам удается освободить членов своего клана, начинается война, в которой вам нужно обезглавить лидера «Гессен» - графа Караяна.