Действия заключительной 3 части игры С.Т.А.Л.К.Е.Р., происходят после того, как был выключен «Выжигатель мозгов» и проход к центру Зоны был открыт. Правительство решает взять под контроль ЧАЭС и отправляет воздушную разведывательную группу для составления плана аномальных полей. Но связь с пятью вертолётами была утрачена, и на их поиск был отравлен майор Александр Дегтярёв, именно за него вам и предстоит играть. Ваша задача отыскать все пять вертолетов, в каждом из которых была важная информация. Отключение «Выжигателя мозгов» отрыло путь к центру зоны всем сталкерам, и теперь конфликт группировок за центр Зоны неизбежен. Вы можете вступать в различные группировки, это может помочь вам при прохождении некоторых миссий. Игра не стремиться держать вас в строгом сценарии, перед вами отрытая Зона и главная цель, как вы к ней придете, решать вам.
S.T.A.L.K.E.R.: Чистое Небо – это продолжение серии игр С.Т.А.Л.К.Е.Р., на этот раз сюжет нас перенесёт на год назад, до событий первой части. Играть вы будете за наемника по кличке Шрам, который, пытаясь провести группу экологов, попадает на смертельный выброс радиации. Только Шраму удается выжить, его полуживым находит группировка «Чистое небо». Очнувшись на базе, ему сообщают, что его нервная система сильно повреждена. В то же время приходит сообщение о нападении мутантов на форпост. Шрам отправляется на помощь, и его еще раз накрывает выбросом. Очередной раз выжив, он узнает, что еще одного выброса он не переживет, а их становится все больше и больше. Очень скоро вы узнаете, что эти выбросы спровоцированы защитной реакцией Зоны. Некий СТАЛКЕР по кличке Стрелок, решил проникнуть в самый центр Зоны, и теперь вы должны его остановить.